Der zehnjährige Magier Negi Springfield hat gerade seinen Magier-Abschluss gemacht. Zur Weiterbildung muss er danach einen Job an einer Mädchen-Oberschule annehmen. Doch weil er seinen Schülerinnen gerade mal bis zur Brust reicht, wird er von ihnen nicht wirklich ernst genommen, und mehr als kleiner, knuddeliger Junge gesehen. Eines Tages entdeckt die Schülerin Asuna Kagurazaka sein magisches Geheimnis und zwischen den beiden entsteht eine eigenartige Freundschaft. Eine Reise in eine Welt voller magischer Rätsel, Wunder und unbekannter Gefahren.